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Au Japon, dans un futur proche, les gens aux pouvoirs psychiques, dit « Esper » ont réussi à cohabiter avec la population « normale ». Cependant certains utilisent leur pouvoir de façon criminelle. Le gouvernement a donc mis en place une cellule spéciale pour combattre cette forme de criminalité. Cette cellule est composée de trois jeune filles, de niveau 7, au caractère très particulier et qui n'en font qu'à leur tête. Elles sont sous les ordres de leur chef, Minamoto, qui a du mal à se faire entendre.